Na území NAPANT sa nachádza aj v súčasnosti množstvo zachovalých, antropickou činnosťou nedotknutých alebo len málo pozmenených lokalít.
Najzachovalejšie časti prírodných ekosystémov na území Národného parku sú vyhlásené za maloplošné chránené územia (ďalej MCHÚ) rôznych kategórií. Ich vyhlásením za MCHÚ je týmto lokalitám, vzhľadom na jestvujúcu legislatívu v štátnej ochrane prírody, poskytnutá najväčšia právna ochrana. Aj ďalšie územia s ekologicky stabilnými biotopmi sú po podrobných inventarizačných výskumoch pripravené na vyhlásenie za MCHÚ.
Územie maloplošných chránených území je v teréne vyznačené štandardným normovaným značením, ktoré vychádza z §52 zákona č.543/2002 Z.z. v znení §19 vykonávacej vyhlášky MŽP SR č.24/2003 k tomuto zákonu (novelizácia 492/2006). Na označenie chránených území, chránených
stromov a ich ochranných pásiem sa používajú tabule so štátnym znakom Slovenskej republiky a s nápisom s uvedením príslušného chráneného územia, chráneného stromu a ich ochranného pásma. Ak ide o chránenú krajinnú oblasť alebo o národný park a jeho ochranné pásmo, uvedie sa ich celý názov. Tabule sa umiestňujú na priesečníku hranice chráneného územia s pozemnou komunikáciou, ako aj chodníkmi, najmä náučnými a turistickými chodníkmi.
* starostlivosť o tieto NPP je v kompetencii Správy slovenských jaskýň
** príslušná časť rozlohy na území OP NAPANT
Všetky uvedené informácie pochádzajú z rezervačných kníh maloplošných chránených území, ktoré sú uložené na Správe NP Nízke Tatry v Banskej Bystrici.
NPR Demänovská dolina
PR Baranovo
NPP Brankovský vodopád
PP Ľupčiansky skalný hríb
CHA Bodický rybník